Tras el fracaso de la Revolución de José Gabriel Condorcanqui, más conocido como Tupac Amaru II,tanto él como Micaela Bastidas fueron apresados para luego ser sometidos a la orden de desaparecerlos a ellos como a los familiares de Tupac Amaru de la faz de la tierra. Como parte de esta siniestra orden en contra de los familiares de Tupac Amaru, también incluyo a los 3 hijos de Tupac Amaru y Micaela Bastidas, al mayor quien era Hipólito fue asesinado en el cadalso, Mariano y Fernando fueron desterrados a perpetuidad, pero en la travesía murió Mariano, en cuanto al hermano de Tupac Amaru, Juan Bautista también lo desterraron junto con sus demás familiares.Fernando, quien era el hijo menor de Tupac Amaru que tenía diez años fue obligado a presenciar el degollamiento de su padre, la muerte a patadas de su madre y la muerte de su hermano Hipólito. Posteriormente, Fernando fue aislado en el Cusco para de aquí ser dirigido caminando encadenado hasta el castillo del Real Felipe, en Lima.
Las autoridades españolas embarcaron a 29 prisioneros que eran familiares de José Gabriel, en la travesía 18 prisioneros murieron, entre ellos Mariano. El virrey Jauregui sugirió llevar a los prisioneros a España para evitar que alguna potencia enemiga los rescatara.
Los prisioneros fueron enviados a las mazmorras de San Sebastian y Santa Catalina, ambas en Cádiz. Fernando se entregó a las autoridades después de naufragar en Peniche, el navío San Pedro de Alcántara que lo llevaba a España.Desde prisión años más tarde, cuando Fernando cumplió 16 años le escribió al rey Carlos III en 1787, pidiéndole su excarcelación.Fernando padeció enfermedades y miseria durante su encarcelamiento.Falleció el último hijo sobreviviente de José Gabriel, el 19 de Agosto de 1786.
Hoy los restos, tanto de Fernando como de Juan Bautista reposan en el cementerio de Buenos Aires.
